Маленькие аквариумы, которые часто используются для содержания карпозубых, загрязняются проще, чем большие. Относительно маленький объем воды легко собирает отходы, накапливает аммоний и нитриты, которые очень ядовиты для рыб. Мольшинство киллифишеров, по крайней мере в США, поэтому используют ту или иную форму аэрации и фильтрования. Эрлифтные фильтры дают жилище аэробным нитробактериям, которые разлагают опасный аммоний и нитриты на нитраты, гораздо менее токсичный конечный продукт.

Могут использоваться разные типы фильтров, но для маленьких аквариумов наиболее популярны простые коробчатые фильтры. В больших аквариумах с субстратом могут также использоваться донные фильтры.